Năm 1990, Công Ninh trở về Việt Nam với tấm bằng thạc sĩ nghệ thuật. Bắt tay vào dựng 2 bài thi tốt nghiệp là Elena thân yêu và Gã giang hồ quốc tế. Cả hai vở đều được các thầy cô cũng như giới chuyên môn đánh giá cao, nhưng anh vẫn trong tình trạng thất nghiệp.

Một thời gian sau, Công Ninh được phân công về làm giảng viên tại Trường Nghệ thuật Sân khấu II và dồn hết tâm huyết vào công tác giảng dạy. Nổi bật học trò nổi tiếng như: diễn viên Minh Béo, Ngọc Tưởng, Thanh Thúy, Ngọc Trinh, Lê Khánh, Hòa Hiệp, Tiết Cương,... hay đạo diễn Vũ Ngọc Ðãng, Nguyễn Quang Dũng, Nhật Trung (Trung Lùn).

Năm 1994, khi câu lạc bộ thể nghiệm sân khấu 5B Võ Văn Tần tìm đạo diễn dựng vở Dạ cổ hoài lang và Công Ninh may mắn được lựa chọn và bắt tay dàn dựng. Vở kịch quy tụ dàn diễn viên sáng giá nhất của làng kịch nói miền Nam thời đó như Thành Lộc, Việt Anh, Hồng Vân và Quốc Thảo cùng đóng góp dàn dựng đã tạo nên một tác phẩm nổi tiếng để đời.

Năm 1995, Dạ cổ hoài lang giành huy chương vàng tại Liên hoan Sân khấu chuyên nghiệp toàn quốc và Công Ninh đoạt giải Đạo diễn xuất sắc.[2]

Năm 1996, Công Ninh được đạo diễn Lê Hoàng mời vào vai lính giải phóng Tấn trong phim Ai xuôi vạn lý. Năm 1999, bộ phim này giúp anh đoạt giải Nam diễn viên xuất sắc tại Liên hoan phim Việt Nam lần thứ 12.[3]

Sự nghiệp của Công Ninh đã dựng trên 50 vở kịch sân khấu, truyền hình, đóng nhiều tác phẩm điện ảnh và giành một số giải thưởng.